Transpozycja dostępna w każdym sequencerze wystarczy, jeśli chodzi po prostu o zwykłe "przesunięcie" zakresu generowanych przez urządzenie nut.
Natomiast jeśli chodzi o bardziej skomplikowane działania (jak np. arbitralne przyporządkowanie numerom nut generowanym przez Twoje urządzenie innych "numerów nut" - nie mam pojęcia jak to opisać lepszą polszczyzną, przepraszam), to prawdopodobnie trzeba będzie posiłkować się dodatkowym programem przetwarzającym dane MIDI "wpiętym" za pomocą wirtualnych portów MIDI pomiędzy Twoje urządzenie i sequencer. Może być to np. PureData, SuperCollider, MaxMSP, Reaktor, itp. Jeśli używasz Ableton Live, to takie zadanie - z poziomu Live, bez potrzeby komplikowania sobie życia zewnętrznymi programami - z powodzeniem zrealizuje Max4Live. Pamiętam też, że pod Windows dostępna była onegdaj darmowa wtyczka VST o nazwie - bodaj - "MidiScripter" (lub podobnie, ale pewnie bardzo łatwo będzie ją odnaleźć za pomocą Google lub wyszukiwarki w KVRaudio.com) umożliwiająca przetwarzanie i generowanie komunikatów MIDI za pomocą prostych sktyptów - powinna sprostać nawet skomplikowanym zadaniom.
Być może własną wtyczkę dałoby się też stworzyć za pomocą SynthEdit (nie używam, ale wyobrażam sobie, że można

).